Deustuko Unibertsitateko egungo Teologia Fakultateko jatorria Oñako (Burgos) Teologia Fakultatean dago. Jesusen Lagundiak zuzentzen zuen Fakultatea, 1880tik Lagundiko ikasleen formaziorako eta 1932tik Egoitza Santuak kanonikoki aitortua zuen.
1966an, Jesusen Lagundiaren nagusi jeneral eta bi erakundeen kantzelariak, Oñako Teologia Fakultatea Deustuko Unibertsitatean integratu zuen, eta irakasleen klaustroa eliz jatorri desberdinetara zabaldu zuen. 1967an, integrazioa egitean, Egoitza Santuak baimena eman zion era guztietako ikasleei zabaltzeko. 1968an, Artxandako eraikin berri, funtzional eta praktikoan eman zitzaion hasiera ikasturteari, Unibertsitatetik urrun samar.
Fakultatea unibertsitateko bizitzan txertatzeko beste urrats bat eman zen 1980an. Urte horretatik aurrera, Teologia Fakultatea Deusturen campusera batu zen. Integrazio fisiko horri estatutuen aldetikoak eman zion segida, 1979ko apirilean aldarrikatu zen Sapientia Christiana Konstituzio Apostolikora egokitu beharrak erraztuta. Teologia Fakultatea Deustuko Unibertsitateko beste fakultate bat da, Fakultate Eklesiastiko izateak eskatzen dituen berezitasunekin. Gaur egun, Fakultatearen fisionomia aldatu egin da, ez bakarrik kopurutan, baita ikasle-motan (gehienak laikoak dira) eta beste karrera batzuekiko truke akademikoan ere.
Teologiako Liburutegia, 1981etik Filosofiako Loiola Liburutegian zegoena, gaur egun, Deustuko Unibertsitateko liburutegi handiaren barruan dago.
Katalogo automatizatuak 80.740 monografia ditu, Teologian espezializatutako 90.000 liburuko bilduma bibliografikotik. Aldizkako argitalpenen bildumak 1.348 titulu ditu.
Baliabide elektronikoen artean, azpimarratzekoak dira eduki Teologikoko datu baserik garrantzizkoenak.